بخش علمي پژوهشي اين مرکز شامل گروه انرژي، گروه بانک هاي اطلاعاتي آزمايشگاهي، گروه ژئوفيزيک هوايي و دورسنجي، گروه زمين شناسي کواترنري، گروه بانک اطلاعاتي فسيل هاي شاخص، گروه نانوبيوزمين، گروه ژئوفيزيک دريايي، گروه رسوب شناسي، گروه جواهرشناسي، گروه زمين شناسي پزشکي، گروه ژئوتوريسم و گروه سيستم اطلاعاتي جغرافيا است.
گروه انرژي گروه بانکهاي اطلاعاتي آزمايشگاهي
گروه ژئوفيزيک هوايي و دورسنجي گروه زمين شناسي کواترنري
گروه نانوبيوزمين گروه جواهر شناسي
گروه ژئوتوريسم گروه سيستم اطلاعاتي جغرافيا
گروه زمين شناسي پزشکي گروه ژئوترمال
گروه زمين رياضي گروه دورسنجي
