يكي از مهمترين و كاربردي‌ترين بخشهاي مجتمع پژوهشهاي كاربردي سازمان زمين‌شناسي، آزمايشگاهها مي‌باشد كه شامل سه قسمت اصلي معرفي آزمايشگاههاي مركز پژوهشي كرج،‌ گردش كار نمونه و بانكهاي اطلاعاتي آزمايشگاهها مي‌باشد.
بخش معرفي آزمايشگاههاي موجود در مجتمع پژوهشي كاربردي سازمان زمين‌شناسي، دربردارنده معرفي كامل آزمايشگاه، وضعيت آناليز و آماده‌سازي نمونه‌ها، تجهيزات آزمايشگاهي، معرفي روشهاي آناليزي موجود در هر آزمايشگاه و‌ مشخصات پرسنل مي باشد. همچنين اين سايت قابليت معرفي كامل خدمات آزمايشگاهي مانند قيمتهاي آناليز و حد تشخيص نمونه ها و عناصر مورد آناليز در هر آزمايشگاه را دارا مي‌باشد.
هدف از راه‌اندازي اين بخش ايجاد بستر مناسب براي كاربران است كه كاربر با اشراف كامل به اين اطلاعات، بتواند اين مركز را براي ارائه خدمات آزمايشگاهي و آناليز نمونه‌ها انتخاب نمايد.
بخش معرفي امكانات و قابليتهاي آناليزي اين مجتمع آزمايشگاهي به منظور بالابردن بهره‌وري آزمايشگاههاي اين مركز مي باشد. اين اطلاعات شامل آزمايشگاههاي چهار بخش ژئوشيمي، ‌دريايي، پزشكي و جوهر شناسي مي‌باشد كه براي هر آزمايشگاه شامل معرفي كاملي از تجهيزات، ‌تكنيك‌ها و دست‌اندركاران و مشخصات خود آزمايشگاه است. اين بخش اطلاعات بسيار مفيدي را در اختيار كاربر قرار مي دهد.
اين مركز داراي بزرگترين آزمايشگاه آناليز مواد معدني با ظرفيت بسيار بالا در خاورميانه مي باشد كه با بهره برداري از آن ايران پس از كانادا، ‌استراليا و ژاپن چهارمين كشور دنياست كه داراي چنين آزمايشگاههاي مجهزي مي‌باشد. اين آزمايشگاه با ظرفيت آناليز 150 هزار نمونه و 3 ميليون آناليز عنصري به همت سازمان زمين‌شناسي و اكتشافات معدني كشور راه‌اندازي شده است كه همچنين علاوه بر مركز كاربردي و آناليزي آزمايشگاهي اين مركز داراي بانكهاي اطلاعاتي جامع و كاملي در زمينه هاي آزمايشگاهي علوم زمين مي باشد.

آزمايشگاههاي اين مرکز در چهار حوزه مختلف علوم زمين مشغول فعاليت هستند
اين چهار بخش شامل:
- آزمايشگاههاي ژئوشيمي
- آزمايشگاههاي زمين شناسي دريايي
- آزمايشگاههاي زمين شناسي پزشکي
- آزمايشگاههاي جواهر شناسي

بخش آماده سازي:
در بخش آماده سازي آزمايشگاههاي ژئوشيمي سازمان زمين شناسي و اکتشافات معدني کشور 9 آزمايشگاه آماده سازي وجود دارد که شامل موارد زير است:

1- آزمايشگاه آماده سازي ICP

2- آزمايشگاه آماده سازي AAS

3- آزمايشگاه آماده‌‌سازي (ES) اسپكتروگرافي نشري:

4- آزمايشگاه آماده‌سازي Au:

5- آزمايشگاه آماده‌سازي پلاروگراف :

6- واحد توزين آزمايشگاهها

7- واحد آب مقطر گيري و كوره هاي الكتريكي

8- آزمايشگاه آماده سازي نمونه کوبي

9- آزمايشگاه آماده سازي اتميک فلورسانس

آزمايشگاههاي ژئوشيمي
آزمايشگاههاي ژئوشيمي مرکز پژوهشهاي کاربردي سازمان زمين شناسي و اکتشافات معدني کشور در سال 1386 با هدف مطالعه و آناليز مواد معدني و عناصر مورد نياز برگه‌هاي ژئوشيمي و مينراليزه به دستور رياست محترم سازمان زمين شناسي و حمايت بي دريغ جمعي از کارشناسان تاسيس و مشغول به فعاليت نمود. از اهداف آزمايشگاههاي اين مرکز انجام فعاليتهاي تحقيقاتي جهت پروژههاي ارائه شده از طرف سازمانها و دانشگاهها, آناليز هزاران نمونه طرحهاي اکتشافي و بهينه سازي کمّي و کيفي روشهاي آناليز مي باشد که اطلاعات هر کدام از اين آزمايشگاهها به صورت جزئي در بخش معرفي آزمايشگاه موجود مي باشد

 بخش آزمايشگاههاي ژئوشيمي داراي 7 آزمايشگاه مي باشد که شامل آزمايشگاههاي
1- آزمايشگاه ICP-OES

2- آزمايشگاه AAS

3- آزمايشگاه پلاروگرافي

4- آزمايشگاه فلورسانس اشعه ايکس

5- آزمايشگاه فتومترشعله‌اي

6- اسپکتروگراف نشري

7- آزمايشگاه فلورسانس اتمي

آزمايشگاههاي زمين شناسي پزشکي
اين علم دانشي ميان رشته اي است كه به تبعات ديگر شاخه هاي مختلف علوم چون بيولوژي، شيمي، فيزيك، رياضيات، آمار، كشاورزي، آب و هوا شناسي، مينرالوژي، ايمونولوژي، اپيدميولوژي، پاتولوژي و پزشكي جغرافيايي مي پردازد. همانگونه كه پوسته زمين از عناصر مختلف تشكيل يافته است اعضاء و اندام هاي موجودات زنده نيز از عناصر مختلف بوجود آمده اند.
لذا با توجه به به اهميت اين علم نوين  و نياز كشور در تاريخ 9/12/1383 مبادرت به ايجاد واحد اجراي پژوهش هاي زمين شناسي پزشكي نموده است  و در تاريخ  1/1/1386 با تاسيس آزمايشگاه زمين شناسي پزشكي در "مركز پژوهش هاي كاربردي سازمان زمين شناسي و اكتشافات معدني كشور" امكان تحقيقات وسيع را در اين زمينه فراهم نموده است.
اين آزمايشگاه براي نيل به اهداف فوق الذكر بهر ه گرفتن از آزمايشگاه بسيار مجرب  جهت سجش بسيار دفيق اين آلاينده ها در ابعاد مختلف آب؛ خاك؛ گياه؛ رسوب و مواد پرتوزا الزامي مي باشد. لذا در اين خصوص سازمان زمين شناسي و اكتشافات معدني كشور  با تاسيس اولين آزمايشگاه زمين شناسي پزشكي سعي در برطرف نمودن مشكل آناليزنمونه هاي آب؛ خاك؛ رسوب؛ گياه؛ را برطرف نمود. در اين مجموعه وجود آزمايشگاه هيدروژئوشيمي، ژئوبوتاني، راديونوكلوئيدهاي طبيعي و ژئوشيمي براي سنجش دقيق و فوق دقيق نمونه هاي معدني و الي بسيار اهميت دارد.

عمده فعاليت اين آزمايشگاه شامل موارد زير است:
1. بررسي و تحقيق در اپيدمي هاي حاد ومزمن در مناطق تعيين شده و اعلام آمار بيماري هاي مربوطه
2. بررسي و تحقيق در مورد زمينه سازهاي بيماريهاي مختلف با توجه به داده هاي چند بعدي آب، ‌خاك،‌ مواد پرتوزاي طبيعي و گياهان .
3. تعيين در صد آسيب پذيري جمعيت مورد مطالعه در هر منطقه جهت ارائه آمار به مراكز تحقيقاتي-آموزشي بين المللي .
4. بكارگيري روشهاي مؤثر جهت پيشگيري از آسيبهاي احتمالي به افراد و  بيماري زايي در آنها 
5. بررسي و تحقيق دامپزشكي در مناطق مورد مطالعه با نگرش زمين شناسي پزشكي .
6. تهيه گزارش مستند از بيماري هاي بومي در هر منطقه از كشور براي تهيه آرشيو و تعيين اولويتهاي بررسي و تطبيق با گزارشات .
7. جمع آوري آرشيو مستند از گزارشات ارائه شده در زمينه بروز بيماري هاي بومي .

 آزمايشگاههاي زمين شناسي پزشکي شامل 4 آزمايشگاه زير است:
1- آزمايشگاه خاک
2- آزمايشگاه آب
3- آزمايشگاه گياه
4- آزمايشگاه راديونوکلئيد

 
آزمايشگاه خاک بخش زمين شناسي پزشکي
عمده فعاليت اين آزمايشگاه شامل موارد زير است:
1- بررسي تفصيلي ژئوشيمي پزشكي خاك و رسوب مناطق مورد مطالعه در سطح كشور (موضوعي- منطقه اي – ناحيه اي) جهت شناسايي كمي و كيفي  عناصر مختلف در روند تاثير بر سلامت موجودات زنده .
2-بررسي تفصيلي مقاطع صيقلي و كاني سنگين مناطق مورد مطالعه جهت رديابي عناصر محيطي و تعيين منشا آنها.
3- طراحي نمونه برداري ، انجام عمليات صحرايي نمونه برداري و پردازش داده هاي آناليز آزمايشگاهي و معرفي مناطق آلوده با منشاء ژئوژنيك وآنتروپوژنيك .
3- تنظيم گزارشات بيوژئوشيمي پزشكي و تعيين حد مجاز و حد مطلوب آلاينده و تعيين ميزان آنومالي در محيط براساس استانداردهاي پزشكي موجود .
4-  تحقيق و تلاش در اخذ بهترين استانداردهاي موجود در مورد رسوب و خاك مناطق مختلف با بهره وري گوناگون ( مسكوني ، صنعتي ، تفريحي ، كشاورزي ) با در نظر گرفتن وضعيت زمين شناسي منطقه مورد مطالعه .
5- ترسيم و تنظيم نقشه هاي آنومالي ژئوشيمي پزشكي و مشخص نمودن حد مجاز و مطلوب آلاينده ها و تفسير موضوعي آن .
6- استفاده از سيستم اطلاعات جغرافيايي GIS با بهره گيري از امكاناتي چون نمايش ، جستجوي مكاني و آناليز و تلفيق داده ها .
7-  بدست آوردن ارتباط بين فرايندهاي زمين شناختي موثر در توزيع عناصر سمي و ضروري در محيط و ارتباط آن با انواع بيماري ها در انسان و ساير موجودات زنده .
8- تلفيق داده هاي حاصل از فاكتورهاي زمين شناختي موثر در بروز بيماري هاي بومي مانند آب، خاك ،رسوب، گياه و مواد پرتوزاي طبيعي .

  
آزمايشگاه آب بخش زمين شناسي پزشکي
عمده فعاليت اين آزمايشگاه شامل موارد زير است:
1-بررسي تفصيلي روان آبها و آبهاي زيرزميني مورد استفاده در شرب يا كشاورزي با نگرش هيدروژئوشيمي و هيدرولوژي و تعيين كمي و كيفي عناصر مختلف و آلاينده.
2- طراحي نمونه برداري، انجام عمليات صحرايي و نمونه برداري سيستماتيك آب، تعيين روش آزمايشات، پردازش داده هاي آناليز آزمايشگاهي و معرفي مناطق آلوده با منشاء ژئوژنيك و آنتروپوژنيك با هدف بررسي تأثير آلاينده ها بر سلامت موجودات زنده.
3- ترسيم و تنظيم نقشه هاي آنومالي هيدروژئوشيمي و مشخص نمودن كمي آلاينده ها و تفسير موضوعي آن.

آزمايشگاه آب (هيدروژئوشيمي) شامل:
 1- آزمايشگاه شيمي و فيزيك آب
 2-  آزمايشگاه كاني سنگين آب
  3- آزمايشگاه بيولوژي آب
 4- آزمايشگاه ميكروبيولوژي آب

  آزمايشگاه گياه بخش زمين شناسي پزشکي
عمده فعاليت اين آزمايشگاه شامل موارد زير است:
1- بررسي تفصيلي خاك و تعيين حد آستانه تمركز مواد معدني و تعيين آنومالي محيطي بر اساس استانداردهاي زيست محيطي پزشكي .
  2- مطالعه جامع تنوع زيستي گونه هاي گياهي در مناطق مورد مطالعه شامل تعيين گونه و واحدهاي زير گونه اي گياهان، تعيين فرمهاي رويش غالب و نادر، تهيه كليدهاي شناسايي عكس و نقشه پراكنش
  3- مطالعه جامعه شناسي گياهي در مناطق مورد نظر به منظور تعيين جوامع گياهي شاخص منطقه و تعيين گونه هاي غالب و شاخص .
  4- مطالعه Autecology بر روي گياهان مقاوم به آلاينده هاي خاص در منطقه با تأكيد بر       ويژگيهاي خاك شناسي شامل غلظت عناصر خاص نظير فلزات سنگين .
  5- تعيين غلظت عناصر به ويژه فلزات سنگين در بخشهاي مختلف گياهان و مشخص نمودن اندامهاي ذخيره كننده آن و چگونگي مصرف گياه در موجودات زنده .
  6- بررسي تأثير عوامل محيطي در محيطهاي آلوده بر ريخت شناسي گياهان .
  7- تعيين آزمايشات و روشهاي استاندارد آزمايش در هر مرحله از كار و بر روي هر كدام از بخشهاي مختلف مورد مطالعه .

 
آزمايشگاه راديونوکلئيد بخش زمين شناسي پزشکي
عمده فعاليت اين آزمايشگاه شامل موارد زير است:
1- تعيين مناطق با پرتوزايي بالا در سطح كشور براي كنترل راديولوژيك محيط زيست.
2- اندازه گيري ميزان پرتوگيري مردم و مشاركت در امر تحقيق و پژوهش راديولوژيك محيط و تأثير متقابل اشعه با واكنش عناصر مختلف محيطي بر موجودات زنده.
3- تعيين كمي و كيفي مواد پرتوزا در نمونه هاي محيطي، معدني و مواد بيولوژيكي.
4- انجام كليه آزمايشات در بخشهاي مختلف (آب، خاك، رسوب، گياه، موجودات زنده و مواد معدني) و تعيين ظرفيت راديولوژيكي محيط زيست‌.
5- مقايسه ميزان پرتوزايي راديوايزوتوپها در آب و رسوبات و محاسبهConcentration Factor
6- تهيه مدلهاي محيطي مورد نياز جهت تعيين ميزان پرتو گيري مردم ناشي از منابع پرتوزاي طبيعي در اكوسيستم هاي مختلف .
7-جديت در امر جمع آوري آرشيو مستندات و گزارشات علمي ارائه شده در زمينه مواد راديواكولوژي طبيعي و تلاش در امر ترجمه و تأليف كتب وابسته .
8- تحقيق جهت اتخاذ استانداردهاي منطقه اي با نگرش و توجه خاص به استانداردهاي بين المللي براي مواد پرتوزاي طبيعي .

  
آزمايشگاه راديونوكلوئيد هاي طبيعي :
1- دستگاه XP 5 PLUS  براي  سنجش پرتو هاي محيطي
2- دستگاه ICP MASS  براي سنجش مواد پرتو زا و راديو نوكلوئيد ها 

 
آزمايشگاههاي زمين شناسي دريايي:
مهمترين اهداف مطالعات رسوب شناسي و ژئوشيمي رسوبي عبارتند از:
ـ بررسي نحوه توزيع و پراكنش رسوبات منطقه
ـ بررسي محيط رسوبي و زير محيطهاي منطقه
ـ بررسي شرايط هيدرولوژيكي حاكم بر منطقه
ـ بررسي ژئوشيميايي رسوبات خشكي و دريايي منطقه
- تعيين منشا رسوبات دريايي
- بررسي محيط رسوبي گذشته
- بررسي آب و هواي گذشته
- بررسي جغرافيايي گذشته
- بررسي اكولوژي گذشته

 آزمايشگاه زمين شناسي دريايي موجود در اين مرکز شامل:
1- آزمايشگاه رسوب شناسي
عمده فعاليت آزمايشگاه:
- عمدتاً در راستاي تهيه نقشه هاي 1:100000 و 1:5000 رسوب شناسي
- ورقه هاي درياي عمان،‌ درياي خزر و خليج فارس صورت گرفته است.
- در حال حاضر نيز نمونه هاي ارجاعي از بخش هاي مختلف، شركت ها و دانشگاهها نيز مورد آزمايش هاي مختلف رسوب شناسي قرار مي گيرد.

هدف کلي اين آزمايشگاه مطالعات و تهيه نقشه هاي رسوب شناسي بستر درياهاي ايران مي باشد
آزمايشگاه رسوب شناسي مرکز پژوهشهاي کاربردي سازمان زمين شناسي بخش زمين شناسي دريايي شامل يک اتاق آماده سازي مي باشد که در آن آزمايشگاه نمونه ها با روش جدايش املاح آماده ساز مي شوند. نمونه ها بعد از آماده سازي وارد آزمايشگاه رسوب شناسي مي شوند بعد از وزن کشي و گذشت 24 ساعت در حمام اولتراسونيک آماده دانه بندي به روش تر مي گردند.
نمونه هاي بالاي 63 ميکرون توسط الک شيکر و نمونه هاي زير 63 ميکرون توسط دستگاه Laser particle sizer   دانه بندي مي گردد ودر نهايت پارامترهاي آماري رسوبات محاسبه مي گردد. مطالعه بافت و شکل رسوبات توسط بينوکولار و تعيين درصد مواد آواري کربناته انجام مي شود.

دومين بخش آزمايشگاههامديريت امور آزمايشگاهها (گردش كار نمونه) مي باشد. با توجه به بين‌المللي بودن مركز پژوهشهاي كاربردي سازمان زمين‌شناسي،  معرفي خدمات اين مجتمع در سطح جهاني بحث مهم و كاربردي به شمار مي‌آيد كه بتواند سرويس‌دهي خدمات آزمايشگاههاي اين مركز را كه به صورت مكانيزه انجام مي‌شود،‌ معرفي نمايد. هدف از راه اندازي اين بخش داشتن فضايي مناسب جهت افزايش سرعت و دقت و کاهش هزينه هاي مطالعاتي، تسهيل و تسريع كار براي مشتريان به منظور پرداخت هزينه هاي مربوط براي تحويل نمونه جهت آناليز و اطلاع مشتريان  از سلسله مراتب آناليز به طور همزمان و پيگيري آن مي باشد. اين بخش امكان سرويس‌دهي خدمات آزمايشگاهي را به صورت مكانيزه دارد. شركتها،‌ اشخاص و كليه افرادي كه درخواست آناليز نمونه‌ها را با استفاده از امكانات اين مركز دارند مي توانند با انتخاب اين بخش و پر كردن فرم درخواست، نمونه‌هاي مورد آناليز خود را به اين مركز ارسال نمايند و با دريافت يك كلمه عبور و كلمه رمز از جزئيات و چگونگي روند آناليز نمونه و نتايج آناليز نمونه هاي خود  از طريق شبكه آگاهي پيدا كنند. 

سومين بخش اصلي در بخش آزمايشگاههاي بانكهاي اطلاعاتي مي باشد.  با توجه به اينكه مجتمع پژوهشهاي كاربردي سازمان زمين‌شناسي يك مركز آزمايشگاهي بين‌المللي است و اهداف مشخصي را در زمينه اطلاع‌رساني علوم آزمايشگاهي دارد،‌ بخش بانكهاي اطلاعاتي آزمايشگاههاي علوم زمين راه‌اندازي شده است. در بانكهاي اطلاعاتي آزمايشگاهي اطلاعات مفيد و طبقه‌بندي شده در زمينه‌هاي مختلف آزمايشگاهي علوم زمين مانند آزمايشگاههاي كاربردي علوم زمين،‌ آماده سازي نمونه‌ها،‌ نمونه‌برداري، اورانيوم و غيره موجود مي‌باشد.  از اهداف آتي اين بخش گسترش اطلاعات آزمايشگاهي موجود در قالب بانکهاي اطلاعاتي آزمايشگاهي مي باشد. به عنوان مثال بانک اطلاعات آزمايشگاههاي سيمان و طلا و بانک آزمايشگاههاي فرآوري از بانکهاي اطلاعاتي آينده اين سايت مي باشد.

رشته گوهرشناسي داراي شاخه‌هاي مختلفي بوده كه هريك از آنها استانداردهاي خاصي را دارا بوده و در سطح بين‌المللي مورد پذيرش قرار گرفته است و در بازارهاي مطرح جهاني از آنها تبعيت مي كنند. در اين رشته نيز همانند ديگر رشته‌هاي علمي‌، تغييرات و تحولات فراوان و به سرعت صورت مي‌گيرد و به همين دليل اطلاع از تحولات بازار و اخبار علمي مربوطه به يا به عبارتي به روز بودن يكي از شروط اصلي فعاليت در اين رشته مي باشد.  سنگهاي قيمتي كاربرد وسيعي در ساخت زيور آلات و جواهرات دارند كه تا كنون در ايران نه تنها با آنها برخورد علمي نشده بلكه بسياري از آنها ناشناخته مانده اند. كار بر روي اين سنگها بسيار سودآور بوده بطوري كه ارزش افزوده حاصل از فرآوري و تجارت صحيح آنها چند صد برابر ارزش اوليه مي باشد و ضمن اينكه از پتانسيل اشتغال‏زائي بالائي برخوردار است، ‌سرمايه گذاري بسيار اندكي را در بخش فرآوري و هنري طلب مي‏كند. از طرفي با پيشرفت تكنولوژي و ساخت انواع مصنوعي و مشابه با تشخيص آنها از انواع طبيعي بسيار دشوار گشته و در نتيجه منافع مصرف كنندگان حتي فروشندگان جواهر با خطر روبرو گشته است همچنين بسياري از اين سنگها كاربرد وسيعي در صنايع و علوم مختلف دارند كه اهميت و توجه به اين بخش نيز در ايران مورد غفلت قرار گرفته است.در اين راستا مرکز پژوهشهاي کاربردي سازمان زمين شناسي درصدد راه اندازي آزمايشگاه جواهر شناسي بر آمده است.